Sustav kontrole koji Republika Hrvatska mora uspostaviti radi ispunjavanja medunarodnih obveza obuhvaća upravni nadzor, inspekcijski nadzor, neposrednu kontrolu i druge mjere zaštite nuklearnog materijala, posebne opreme i nenuklearnog materijala.

Za kontrolu nuklearnog materijala provodi se osobito:

- evidencija i bilanca,
- fizička zaštita (na mjestu korištenja, čuvanja i tijekom prijevoza),
- inspekcijski nadzor (na mjestu proizvodnje, korištenja ili čuvanja),
- kontrola izvoza i uvoza (sustav dozvola) i
- kontrola na granicama (sprječavanje nezakonitog prometa).

Za kontrolu posebne opreme i nenuklearnog materijala koji bi se mogli koristiti, osim za mirnodopske svrhe, za proizvodnju nuklearnog oružja, provodi se osobito:

- evidentiranje proizvodnje posebne opreme i nenuklearnog materijala,
- inspekcijski nadzor (na mjestu proizvodnje i korištenja) i
- kontrola izvoza i uvoza (sustav dozvola).